Molto attivo è il Coro Polifonico San Francesco.
Il Coro si è costituito nel 1998 per opera del Maestro pisano Enrico Nuti, che ancora oggi lo dirige,
Nel 1999 ha tenuto il suo primo concerto nella chiesa di San Francesco.
Partecipa a varie rassegne corali, sia in Italia che all’estero.
Il marzo del 2000 ha visto il coro impegnato nella sua prima tournée all’esterom a Duisburg e a Gelsenkirchen, in Germania, mentre del maggio dello stesso anno ha tenuto il secondo concerto in San Francesco.
Nel 2001 è stato impegnato nella Messa solenne presso la Basilica Superiore di San Francesco in Assisi.
La tradizione si perpetua negli anni seguenti.
Il coro cresce, l’organo viene sostituito dall’orchestra, il repertorio si fa più impegnativo.
Vivaldi e Mozart entrano a far parte del programma con cui il coro si esibisce, fino ad arrivare nel novembre 2004 all’esecuzione della Messa da Requiem KV 626 di W. A. Mozart nella Chiesa di San Francesco in Pisa.